Windows ME adalah peningkatan ke Windows 9x dan sebagian besar perangkat lunak untuk Windows 95 dan Windows 98 akan bekerja dengan Windows ME. Kami mengatakan 'mayoritas' karena perangkat lunak seperti program antivirus atau utilitas lain yang dirancang untuk Windows 9x tidak akan berfungsi (atau berfungsi dengan baik) di Windows ME. Struktur file dan file konfigurasi sedikit berubah di Windows ME. Namun, game, program, dan perangkat lunak lain akan berfungsi di Windows ME. Jika perangkat lunak tidak berfungsi, seharusnya ada pembaruan yang memungkinkannya berfungsi.